在湖边，发现坐在石头上哼唱歌曲的男子。
他直接交出碇真嗣的名字，并且高速碇真嗣自已的名字是阿轩，是第五适任者。
大家丝毫都不知道哦啊他的来历，只是知道生日和第二次冲击完全相同。
同步测试开始了，阿轩居然做到了和二号机完全同步。
大家都有些吃惊。测试结束后，阿轩看出碇真嗣有些害怕和人解除。
阿轩告诉碇真嗣，不和人接触就会避免伤害。
但是并不可以忘记寂寞，因为人类本身是孤单。
但是也因为可以忘记，人CIA可以活下去。
他说碇真嗣的心如同玻璃一般纤细，值得自已对他有好感。父亲看着初号机，想到朗基努斯之枪已经不再。
只要消灭最后一个使徒，愿望就要试下。
碇真嗣没有回家，回到了阿轩的家中。
阿轩问他是不是讨厌人类，他说自已很讨厌父亲。
却很奇怪为什么对阿轩说这些。
碇真嗣回头看到对方看着自已。
他告诉碇真嗣，自已说不定是为李翔宇才是。
美里偷偷调查挨训的资料。
原来他可以在自已的一直下自由设定和EVA的同步率。
这个回收阿轩带着二号机向据点下去。
警报响了起来，又一使徒出现了。
美里发现二号机出现动了，可是明日香明明在病房，这不可能。
这时候据点出现了AT立场，阿轩就是使徒并且还在不断下降。
而这一切都是上面计划的，并且期待初号机完成最后计划。
父亲下令让碇真嗣去解决。
碇真嗣却无法接受阿轩是使徒，随后强迫自已跟上塌
初号机和二号机打了起来，阿轩说EVA和自已打手很提是一样，因为也是从亚当衍生出来，只要没有领就好。
碇真嗣刺向阿轩，但是阿轩的身上出现了AT立场这是任何人都拥有的心智比张。
此时二号机也刺中的初号机，他们一起来到据点。
为了避免第三次冲击，美里决定逼得不已时就让这里自爆。
没想到出现了强力的AT立场，俩台EVA都被屏蔽。
碇真嗣和阿轩抵达了中心位置，绫波丽居然也出现在这里。
阿轩发现十字架上的不是亚当而是莉莉丝。
此时初号机击败了好几，并且抓住了阿轩。
阿轩说治一治希望碇真嗣可以阻止二号机。
?不是这样自已就要和二号机一起继续活下去。
碇真嗣问他是为什么。
阿轩说继续活下去是自已的命运，哪怕毁灭一切。
而对于自已来说死和生是等价的，死亡才是自已唯一的自由。
碇真嗣完全听不懂他在说什么。
阿轩却说这是遗言，他说碇真嗣不是应该死亡的从子啊，而微辣才是必要。
随后抬头看了言绫波丽，他告诉顶针是，谢谢你，能够和你相遇，我和你高兴。
终于在漫长的沉默中，碇真嗣杀死了最后的使徒。
碇真嗣来到医院看望明日香。
他对明日香说救救我，然而对方并没有回应。
碇真嗣开始用力晃动明日香。
在这以后，最后一个使徒消灭了，但是还是没有解决境界。
美里坐在车里，她已经知道了所谓的补完计划。
所这是一种将走到尽头的人，进化为单体生物的补充计划。
她觉得上面还会为此利用EVA。
的确如此，上面将希望寄托在莉莉丝的EVA初号机身上。
此时超级计算机被入侵，防御被攻破。
父亲派遣人找到已经不再工作的赤木，委托她抵抗超级计算机的入侵。
美里受到消息，上面已经取消对据点的保护。
目的绝对不是入侵超级计算机那么简单。
这个时候赤木解决了入侵。
计划失败以后，上面决定直接占领。
之后开始了攻击，美里觉得他们的目标是EVA，那么一定会干掉碇真嗣。
随后通知碇真嗣进入初号机，躲避并且将病房中的明日香移动进二号机。
此时没有了绫波丽的终极。
美里下令让碇真嗣进入地下，但紧跟着发现碇真嗣没有在里面。
上面实力强大，据点落入下方。
美里在努力拖延时间。父亲找到了绫波丽。
说是约定时间到了，带走了他
此时敌人发信啊了碇真嗣，还好美里及时赶到救下了他。
她让碇真嗣去驾驶EVA。
碇真嗣却说自只想死，其他的什么都不想做。
上面开始攻击据点，美里告诉碇真嗣，他们要发动第三次攻击。
十五年前为了让伤亡降低，从而在使徒决心的回收将亚当还原，引发了第二次冲击。
而人是从一个叫莉莉丝的生命体之源中诞生出来的。
人类便是第十八使徒，其它的使徒也可以看成是舍弃人类形体的怪物。
双方都拒绝了对方的存在。
上面发现