正午时分, 从神秘岛驶向美国的轮船上，除了回国休养的爱伦坡以外，还有一位法国正规军的大佐。
几天前的夜里, 大佐的旧部纪德和他的联系中断了，他那时就已得知了部下的死讯, 因此开始了自己的计划。
大佐为自己准备的圣遗物是弓箭及西亚某处国境线的泥土, 原本他准备了别的方案，对召唤不抱太大的希望，但没想到真的成功召唤出了那位大英雄。
也正是召唤时的这段魔力波动被爱因兹贝伦侦测到，于是才派遣邪神saber前去侦察或突袭, 然而saber却中途遇袭被封印进中。
大佐召唤出了阿拉什, 并没让他参加圣杯战争, 而是瞒着从者给亲信下令在机密区地下五层做好布置，带着从者上了次日中午离岛的船只。
隔壁房间是敌方御主的同伴, 没关系, 他的异能未知但一看战斗力就不强，绝不是archer的对手。
船上进了一个难缠的小丑，没关系，这家伙达成目的后很快就传送离开了。
有能力劫持船只的只有他和从者阿拉什……大佐在船上和从者一起等待了一段时间，待船驶出几十公里，肉眼无法看到岛屿之后, 他远程向岛上的亲信下达了命令。
随后, 海面上燃起了巨大的火球, 连天空和海洋都被此等伟力撕碎蒸发, 船只被强烈的冲击波往外推行了数百米抛上天空, 又和巨浪一起下坠。
大佐没有在意汹涌的波涛和摇晃的船只, 而是直接上了甲板, 在从者的保护下远眺。近乎沸腾的海水炙烤着船底，散发的热量足以令人汗流浃背。
“archer，岛上还有活人吗？”
拥有千里眼的阿拉什能够回答这个问题：“有几位强者存活下来了，还有一件充盈着魔力的魔术道具从原本是高塔的地方升起……那就是圣杯吗？”
大佐激动得手都在颤抖：“圣杯没有被炸毁……很好，异能兵器起作用了。除了许愿之外，这个大新闻想必也能把全世界的注意力都集中到这里，让他们没办法再隐瞒战争的秘密……对了，岛上还有活人，我们要回去才行。”
还有几位强者存活，那些大概就是来参加圣杯战争的人吧……即使侥幸没死在爆炸中，也应该是强弩之末了。
他还做了两手准备，以阿拉什或者壳兵器摧毁岛屿，取得埋藏在地下的圣杯，或者直接认领此次恐怖袭击，为自己的旧部发声并揭露异能大战的真相。
“御主？”
“archer，马上劫持这条船，让它以最快的速度返程回到岛上……哦，现在那里是漩涡了，”大佐下令道，“杀光那里的幸存者，取得圣杯……嗯？不愿意吗？想要我用三划令咒强制你对神秘岛使用宝具吗？快去。”
船只在滚烫的大海中劈开风浪，向已经变成漩涡的神秘岛驶去。
岛上依靠异能力仍然存活的人很少，除过教会里阿尼姆斯菲亚设置的结界，地下兰波的亚空间和其他一些空间系强者，剩下的人基本都在爆炸中碳化了。
用异能力强行减缓局部时间的威尔斯已经是强弩之末，她带着照相机躲在码头一条船只的底舱中，正在向另一位控制自身时间流的魔术师交代情况。她的异能力【时间机器】只能对一个人使用一次，因此无奈找上了离她最近的卫宫切嗣。
被延缓的火光已经扑到了舱门外，舱室在极速升温，就算是异能也拖不了多久了。
“……只把记忆信号传送回过去，你能操纵自身的时间流，应该明白我的意思吧？”威尔斯说道，“你有五十五分钟来解决启动异能兵器的事件，没问题吧？”
杀死一个幕后真凶就能解救整座岛的人，卫宫切嗣当然不会拒绝。
“根据爆炸推断出的兵器存放地点大概位于机密区地下五层，那里被重兵把守，真凶也许是岛内的军方人员，如果找不到真凶，那就夺走异能兵器……我知道你，魔术师杀手，虽然声名狼藉，但既是梦想家又是现实主义者，现在的情况不允许我说太多，总之，回到过去，为了你的正义，阻止爆炸解救这座岛屿吧！”
在照相机发出的耀眼光芒中，威尔斯最后提醒道：“小心蝴蝶效应！”
卫宫切嗣感到一阵眩晕，他看到了慢放的火焰和扭曲的空气，然后意识逐渐消散，再睁眼时，他回到了五十五分钟前所在的地下通道中，仍然存活的assass遮蔽气息隐藏在他身边。
他的目标原本是附近可能存在的阿尼姆斯菲亚魔术工房，然而现在二周目的他不得不潜入地下五层寻找五十五分钟后会爆炸的异能兵器。
潜入作战有一些难度，不过对于能够灵子化和遮蔽气息的assass来说不是艰巨的任务。他在潜入地下时还听到了守卫们交谈，他们的长官在上午就离开了最高机密区的地下，不知道去执行什么任务了。
assass穿过各个房间搜索，排除伪造品，最后在某个被严加看管的暗室中找到了公文包。他以自身的经验和学识判断后认为异能兵器并未被设置为定时炸弹，大胆地取走了公文包神不知鬼不觉地送到御主手里，然后又返回暗室放上了赝品。
十几分钟后