根据小照的调查，湛蓝岛上的圈圈熊们全都没有进化现象。
熊大是它们中的孤本，这意味着除却满月之外，特殊的泥炭块也同样不可或缺。
因而周游将大量来自洗翠大地的泥炭块当作迷宫产物交给山梨博士，希望能利用科技的手段复刻出两百年前泥炭块中的特殊成分。
然而正当对圈圈熊、月月熊的研究如火如荼的展开之际，自遥远的缘朱市方向散发出的不详红光愈发显眼，甚至连身处湛蓝高地的三人也能感到其中散发的破灭之意。
决战就在眼前了。
当天深夜，熬不过山梨博士的小照换上睡衣，打算回房间玩会新发售的智能手机就上床休息。
不过由于对别院不太熟悉的缘故，她没能顺利回到周游为客人准备的房间，而是莫名来到了对方的收藏室。
“奇怪，这股感觉究竟是……”
冥冥之中，仿佛有什么特别的事物在吸引、在呼唤着她。
于是小照略过太古之白石、异星的陨石、记述奥义的卷轴、迷之金色触须、未知生物的化石等等价值连城的至宝，一路来到了收藏室的最深处。
那里正摆着一块平平无奇，却因不明原因与所有其他展品分开来存放，图案呈十字星嵌于棱形中的白色石板。
没来由的，小照竟感到一种不可思议的亲切之意。
随即她下意识伸手抚过未曾设下任何防护的石板，轻而易举地将其拾起。
察觉到背后的花纹与正面不同，又翻过来仔细查看。
石板背后并非花纹，而是一句以古代神奥语写就的铭文：
“其在所有的宇宙中，注视着宝可梦……与人？”
就在小照读出铭文的下一瞬间，平平无奇又极为亲切的石板忽然绽放万丈金光，不可名其状的伟力顿时笼罩了整个湛蓝高地！
另一方面，正在研究中的周游与山梨博士皆察觉到那股不可思议的力量，同时望向其来源方位。
而当意识到问题严重性的周游与山梨博士急忙来到收藏室时，那股突然出现的神秘力量又莫名的消失不见。
与之同时失踪的，是不久前才刚刚告别二人回去休息的小照……
“小照！”山梨博士焦急地大喊，他惊悚地发现那个懂事又博闻强识的女孩消失了！
博士身旁，得当时目击了一切的太古白石告知真相的周游则望向收藏室尽头。
消失的不仅仅是小照与那股不可思议的力量，还有被他摆在房间里供起来的传说石板……
……
同一时间，不可思议的迷宫中，时限之塔第19层。
“大家准备好了吗，前面不远处就是通往塔顶的入口了。”
经历了无止境的迷路与漫长的冒险后，在距离下一层入口的房间只剩下一条通道时，戴着帽子的皮卡丘怀揣着紧张的心情回首望向众精灵。
把自己从海滩上捡回家的搭档在这趟旅行中渐渐变得坚强起来，在不久前的战斗中绽放出崭新的姿态，进化成为一种前所未有的粉色缎带伊布。
一直将众人护在身前的小次郎重拾自我，进化成为威风凛凛的风速狗。
遇事就冲在前方的武藏回想起对精灵的热爱，进化成为可靠的幸福蛋。
喵喵嘛……还是那个喵喵，但是似乎获得了铁的意志与钢的强韧？
在不可思议的迷宫的探险中，大家都得到了不小的成长，就连小智自己也稍微没那么莽撞。
如今，龙中之龙、传说中的传说、真正有资格称作“神”的帝牙卢卡就在他们的前方。
为了拯救这颗时空即将崩溃的行星，他们必须以皮卡丘、仙子伊布、幸福蛋、风速狗、喵喵这种寻常精灵之姿挑战传说的时间之神！
“都走到这里了还说什么啊喵。”喵喵用理所当然的语气讲起了最怂的话，“大不了就是一起被打飞呗。”
“没关系小鬼头，我在这一路上收集了很多剧毒，等待会开战下完毒就缩小躲起来给你们施展治愈波动！”武藏此时仍不知道帝牙卢卡真正的属性。
对武藏的做法感到无奈，小次郎不禁苦笑：“额，我就不近战了，或许可以试着用鬼火和咆哮削弱它？”
而仙子伊布则没有任何言语，只是默默地凝视着皮卡丘，以双方这一路走来培养的默契，早就不再需要任何话语便能知晓对方的心意了。
见其余精灵都已下定决心，戴着帽子的皮卡丘难得郑重地点了点头。
没问题的，他们五个合力哪怕连传说中的帝牙卢卡也能击败！
最后的动员就此结束，宝可同伴探险队的皮卡丘与仙子伊布带着三位临时成员向着最后的房间走去。
但是……
等待着他们的却并非任何战斗或陷阱，而是十只陌生却又没有被时空扭曲影响导致凶暴化的精灵。
见戴着帽子的皮卡丘终于到来，其中一个样貌好似姜饼人的小灰人不耐烦地抱怨道：
“太慢了小智！我们汇合之后都等你一天了！”
面对刚一见面便道破自己真名的陌生精灵，小智惊讶万分。
这个熟悉的语气……
“阿金？”他试探性地