通过天之箭桥之后，小智三人来到了飞云市。
飞云市是合众地区有名的大都市，也是合众地区最大的城市，这里的摩天大楼比比皆是很是壮观。飞云市的特产——飞云冰淇淋，小智三人现在的目的地就是售卖飞云冰淇淋的小店。
艾莉丝惊呼道：“飞云市真的好大啊！”
天桐道：“我听说这里的飞云冰淇淋很好吃哦！”
小智道：“反正飞云道馆赛预约的是明天，我们干脆就去吃吧！我请客！”
艾莉丝带着牙牙跑了起来，喊道：“太好了！”
穿过飞云市中央区域的时候，在这里他们见到了亚缇。小智自从进入中央区域后，波导之力传递给他的感觉就很是不安。
小智道：“亚缇先生！”
亚缇道：“是你们啊！小智你来看，树上的虫系宝可梦们好像很不安的感觉啊！”
艾莉丝道：“我听说大灾难来临的时候，虫系宝可梦就会开始焦躁。”
亚缇道：“是啊，虫系宝可梦具有察觉到人类无法察觉到的电磁波，这点在科学上已经被证实了。”
小智来到了亚缇站的树下，释放出了波导之力，道：“确实！有大量的百足蜈蚣正在地下从那个方向移动来飞云市。”
亚缇道：“地下水道吗？那个方向是荒野名胜区里的河流！”
“等一下，这么说来！以前也曾经有过这种事情，就是荒野中生活的宝可梦们通过这个地下水道迁移到飞云市里来了。难道是荒野名胜区出事了？”
小智道：“我们先去调查一下吧！”
四人来到了地下水道中，往前走了没有多久就看到了一只百足蜈蚣卡在了水管中，尾巴上下晃动想要挣脱出来的样子。
艾莉丝道：“好像卡的很难受的样子哎！”
小智道：“我来吧！”小智将波导之力集中在手上，将百足蜈蚣抱了出来，他又用常磐之力治疗了它。
众人被声音吸引，抬起头的时候看到了百足蜈蚣群正在地下水道中穿行。
小智道：“不好了，地面上也都是百足蜈蚣了！”
四人带着那只被小智救下来的百足蜈蚣来到了地面上，市民们的尖叫声不断。
君莎小姐骑着摩托车来到了小智面前道：“小智搜查官，您在飞云市就太好了！现在大量百足蜈蚣正在飞云市中引起骚乱！”
小智道：“君莎小姐，你组织市民去紧急避难吧！剩下的交给我们了！”
君莎小姐道：“好的！对了，我们已经请红豆杉博士调查原因了！”
小智道：“红豆杉博士吗？我知道了！”
就在这时，不远处传出了爆炸声，亚缇道：“那是宝可梦中心的方向！”
当小智他们赶到的时候，训练家们已经对百足蜈蚣发起了攻击。修帝也在，他拿出了他的灯火幽灵，使用喷射火焰攻击百足蜈蚣。
“达克莱伊，就决定是你了！使用恶之波动挡下来！”
一道黑影弹射了出去，恶之波动将在场所有训练家的喷射火焰挡了下来。
小智道：“现在大家都住手！”
修帝看到达克莱伊跟在小智身后，义正言辞道：“这些百足蜈蚣一味的攻击人类，驱逐他们是理所应当的事情，你不帮忙也不要来碍事！”
小智拿出了自己的证件道：“我是宝可梦搜查官，我命令大家住手！有不听的我的达克莱伊也不是吃素的！”
小智还是第一次生这么大的气，他也从来没有过用宝可梦威胁过人的先例，修帝是第一个，不过现在小智可没有时间管他。
艾莉丝道：“老师说得对，大家看百足蜈蚣们也没有进攻啊！要不是你们先发起的攻击，它们怎么会反击呢！”
天桐道：“大家都先去避难吧！这里交给小智！”
一个身穿西装的大叔也赶到了这里，小智道：“您就是飞云市的市长吧！我是宝可梦搜查官小智，现在飞云市的警戒工作由我接手，亚缇先生您有办法将百足蜈蚣们先集中到中央区域吗？”
亚缇道：“找到领袖就可以了！只是这里的百足蜈蚣太多了，要怎么找？”
小智指着一个方向道：“那边，体型最大的那只！”
在高楼的楼顶处一只体型很大的百足蜈蚣晃动着头顶的长须正在指挥着这些百足蜈蚣。
“灯火幽灵，使用喷射火焰！”
“达克莱伊，使用黑洞！”
达克莱伊丢出了黑洞使得灯火幽灵睡着了，小智沉声道：“我的话听不懂吗？”
修帝道：“只要打败了百足蜈蚣的领袖，驱逐剩下的百足蜈蚣就不难了！”
艾莉丝生气道：“你凭什么擅自做决定啊！”
亚缇道：“修帝你住手！”
小智道：“不用管他！等会儿再来解决！”
小智脚边被他救了的那只百足蜈蚣，上前跟百足蜈蚣的首领说了几句，它们的首领便冷静了下来。
亚缇道：“小智你有能使用治愈波动的宝可梦吗？借我一用！”
小智知道了亚缇的目的，道：“差不多娃娃，使用治愈波动！”