五经是孔子周游列国收集而成，而四书则是孔子之后的儒门中人整理而成的。
汉儒认为五经是孔子亲自整理，其中蕴含了孔子真意，是最纯正的儒家经典，而四书相对而言并不正经。
到了唐宋时期，韩愈掀起了对道统的思考，一直到南宋朱熹作《四书章句集注》，彻底奠定了四书的地位。
另一个原因，这就得追述到前文提过古代教育资源不平均的问题了。
因为每个地方治学水平的不一致，导致有些五经根本就没有人选，比如选《春秋》为本经的学生少之又少，导致《春秋》被称为“孤经”。
所以用五经作为录取与否的根据，在评判的标准上很容易产生争议，是以自前明以来，官方一直沿用重四书轻五经的惯例。