忍界，木叶。
带土人生的转折点，神无呲桥之战最终还是发生了。
与原着不同的是，由于魔蛭、火光、大石在参与猎杀太一的任务时身死，三人在神无呲桥之战中的剧情没有了。
并且岩隐在三战前期与邪神教合作，使用了大量生物兵器助力，使得岩隐保存了大量有生力量。
神无呲桥之战，岩隐投入了上百名精英忍者，但好在木叶这边也不是毫无准备，由水门率领强化版的卡卡西、带土、琳以及几十名精英忍者前往应战。
但战况依旧激烈，经过三天三夜的苦战，带土依旧没有逃脱原有的宿命，被压在山石之下，将自己的左眼交付给卡卡西。
神无呲桥之战结束后，岩隐彻底失去了进攻木叶的途径，在朔茂的援助下大量岩忍被剿灭，桔梗山之战并未发生。
迫于云隐的进攻压力，大野木无奈之下，只能向木叶递交和平契约，三代欣然接受。
至此，三战已经接近尾声，唯有木叶与雾隐，岩隐与云隐在继续战斗。
木叶50年末。
阳组织。
太一情况恶化，身体凋零速度增加，里美等人方寸大乱。
在九尾的指示下，九大尾兽的查克拉被提前注入未孵化的外道魔像之中，以外道魔像巨茧为中转站，将不完全的十尾查克拉输入太一体内。
太一情况得到缓解，但这一次事件使得众人放松的神经再次紧绷。
忍界，木叶。
带土黑化事件——琳之死。
在执行任务的过程中，琳被雾隐暗部抓获，体内被封印进三尾，用以执行“木叶毁灭计划”。
卡卡西第二次将右手刺入同伴的胸膛，那股温热的手感，终成卡卡西的梦魇。
在黑绝的策划下，带土亲眼目睹琳之死。
撕心裂肺的吼声中，万花筒写轮眼开启。
血月当空，来自地狱的荆棘于人间盛放。
在斩杀一切敌人后，令带土更加崩溃的事情发生了。
琳，不见了。
带土发疯般寻找，最终一无所获。
望着昏迷的卡卡西，带土手中的木刺数次落下又抬起，血泪模糊双眼，带土最终选择离去。
“我懂了……我身在地狱……”
带土留下这句话，最后望了卡卡西一眼，转身离去。
“木叶毁灭计划”失败，雾隐最终向木叶递交和平契约。
至此，第三次忍界大战正式结束。
得益于顶尖战力不曾缺失，在这次三战之中木叶可谓大获全胜，但三代依旧选择退隐，顶着重重压力将火影之位交至水门手中。
四代火影——波风水门上线。
木叶51年。
阳组织。
在不完全十尾查克拉的帮助下，太一体内的辉夜后裔细胞发生变化，肉体凋零速度近乎停滞，同时太一的皮肤开始转变为白色。
柱间细胞与宇智波细胞融合成功。
辉夜一族细胞与日向细胞融合成功。
九尾成功学会飞雷神之术。
术式：飞天九尾大爷。
木叶。
四代火影波风水门与九尾人柱力漩涡玖幸奈结为夫妻，漩涡鸣人诞生进入倒计时。
与此同时，宇智波一族内，宇智波美琴的小腹日渐隆起，宇智波佐助在路上。
波风水门上任后，在三代的干预下，团藏的权利被大幅度压缩，宇智波的情况有所好转。
卡卡西重入暗部，获得“杀神”名号。
止水、新之助、鹿人同时加入暗部，由卡卡西带领。
另一边，宇智波斑死亡，带土继承“宇智波斑”的名号。
同年七月二十三日，因陀罗转世者宇智波佐助诞生。
宇智波鼬看着怀中皱巴巴的婴儿，没有一丝嫌弃，反而觉得其是上天赐予的宝物。
这一刻，什么生命的意义、村子的意义、战争的意义通通抛之脑后。
此时的鼬只有一个想法。
“为保护你，我愿意付出一切！”
……
木叶51年，十月十日。
漩涡玖辛奈预产期来临，整个木叶严阵以待。
为了防止意外发生，玖辛奈被转移到村子外进行生产，由猿飞琵琶湖带领医疗忍者接生，卡卡西负责贴身守护，止水等人负责外围。
“哇~~~~”
皓月当空之时，阿修罗转世者漩涡鸣人诞生，这个世界迎来真正的主角。
“恭喜你，玖辛奈，是个很有朝气的男孩子。”
猿飞琵琶湖抱着哇哇大哭的鸣人，脸上挂满慈祥的笑容。
“鸣人！”
水门欣喜万分，想要看一看鸣人，却被猿飞琵琶湖翻了个白眼。
“别乱碰！得先让他见母亲才对吧！”
说着，将哇哇大哭的鸣人放在玖辛奈身边。
“鸣人，终于见到你了。”
玖辛奈的身上散发着母性的光辉，柔声说道。
“好了，接下来好好休息一下。”
猿飞琵琶湖将鸣人抱走，只留下水门与玖辛奈独处。
水门来到玖辛奈面前，轻轻握住